El Colegio Bautista de Caguas tiene un amplio programa deportivo entre sus actividades extracurriculares. Los equipos participan de torneos invitacionales, en la liga Central Oriental Private Schools Athletic Alliance (COPSAA) y de prestigiosos torneos como: Copa Mc Donalds- El Nuevo Día, Copa Burger King, Copa Primera Hora, Copa Alcalde Municipio de Caguas de Volley Ball y Baloncesto, Torneo HOOPS y el Torneo Big Sixteen, entre otros.
Hay equipos en las Categorías Mini (5to y 6to grado), Juvenil (7mo y 8vo grado), Junior (9no y 10mo grado) y Senior (11mo y 12mo grado).
Las disciplinas deportivas en las que hay representación del Colegio son:
Baloncesto (Masculino y Femenino)
Senior, Junior (Masculino), Juvenil, Mini
Volley Ball (Masculino y Femenino)
Senior, Junior, Juvenil Mini
Soccer
Mini (juegan niños y niñas en el mismo equipo)
Futsal (Masculino)
Junior y Juvenil
Campo Traviesa (Masculino y Femenino)
Mini/Juvenil/Junior
Natación (Masculino y Femenino)
Mini / Juvenil / Junior
Pista y Campo (Masculino y Femenino)
Mini / Juvenil / Junior